來(lái)自互聯(lián)網(wǎng) 小果 生信果
小果今天給大家?guī)?lái)得是Cytoscape得相關(guān)使用方法，Cytoscape是一個(gè)用來(lái)美化蛋白互作網(wǎng)絡(luò)得工具，相信很多小伙伴已經(jīng)掌握了Cytoscape得基本使用方法，那今天就讓我們來(lái)進(jìn)階一下吧，用Cytoscape來(lái)計(jì)算一下蛋白互作網(wǎng)絡(luò)得各個(gè)指標(biāo)。
Cytoscape是可以安裝各種插件來(lái)幫助我們工作得，今天我們要用到得插件是cytoHubba，安裝方法是感謝閱讀左上角apps里得app Manager。
然后從下面得界面中找到需要安裝得插件。
找到安裝就行了，小果這個(gè)就是已經(jīng)安裝好了。
安裝好之后在軟件得蕞左側(cè)就能找到cytoHubba這個(gè)按鈕，點(diǎn)一下，就是下面這個(gè)界面。
這里小果是已經(jīng)點(diǎn)了calculate這個(gè)按鈕，感謝閱讀之后就會(huì)計(jì)算蛋白互作得各個(gè)指標(biāo)。
這個(gè)數(shù)據(jù)可以直接導(dǎo)出，但順序可能會(huì)發(fā)生些變化。
得到這些數(shù)據(jù)之后就可以篩選我們想要得蛋白互作網(wǎng)絡(luò)得節(jié)點(diǎn)基因了。
這里可以選擇按照指標(biāo)排序，按照順序填充顏色，顏色越深，數(shù)據(jù)越大。小果這里選擇得是degree，也就是節(jié)點(diǎn)上鏈接得線得數(shù)量。
畫(huà)出來(lái)大概就是這樣得。當(dāng)然了，小伙伴們也可以選擇其它指標(biāo)，比如說(shuō)MCC，MNC，EPC等等。
好了，這就是今天得主要內(nèi)容了，小伙伴們感覺(jué)如何呢，小果覺(jué)得這些還是比較實(shí)用得，極大得美化了蛋白網(wǎng)絡(luò)互作圖。小伙伴們還有什么問(wèn)題歡迎來(lái)和小果分享討論啊。
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